Vigonovo deriva dal latino Vicus Novo, col chiaro significato di Villaggio Nuovo fino al 1000 a.C. Fu abitato dagli heneti approdati nel 1200 a.C.; a partire da questa data vi si stabilirono gli Euganei ed i Paleoveneti, che vi lasciarono importanti tracce sul territorio. Da sempre terra di forte passaggio fu attraversata da guarnigioni romane e, più tardi, da Attila. Nell'epoca costantiniana (330 a.C.) venne costruito, nell'area in cui oggi eleva Villa Sagredo, un castello romano. La prima chiesa paleo-cristiana venne eretta nel 1381 nei pressi dell'abitazione dei Zanon. Dopo l'oscuro periodo della guerra gotica e dalla dominazione carolingia si aprì così la stagione comunale di Padova che si estese fino alla conquista della Serenissima nel 1250; durante questo periodo venne costruita anche Villa Sagredo. Nel 1848 venne annessa al Regno d'Italia e nel 1866 liberata da Girolamo Avogrado. Durante la seconda guerra mondiale venne duramente colpita con l'abbattimento dei ponti sul Brenta. Fino ad oggi si è sviluppata divenendo uno snodo fondamentale tra Padova e Venezia nella tranquillità della campagna dei Dogi.